8月20日，慈濟技術學院新生註冊，於台北、台中、花蓮三地進行，含五專部護理科、四技部放射技術系、醫務管理系、會計資訊系、資訊工程系、二技部護理系與放射醫學科學研究所新生，共十三班。
教務處表示，因莫拉克颱風受災戶及家庭經濟困難而無法註冊的學生，學校已規劃安定就學方案及權宜措施，並列冊聯繫服務，學生可於9月16日新生入學輔導研習時，補辦相關手續。經濟有困難的學生，亦可同時獲得多種管道的獎補助與助學貸款，絕不影響入學資格。
為了方便學生就近註冊，教務處特地於台北分會、台中分會與本校設立註冊地點，讓新生能繳交相關資料，並量制服尺寸。五專部採原住民專班、聯合甄選、聯合登記分發，二技部採推薦甄選、技優甄審及保送、聯合登記分發，四技部有高中申請入學、推薦甄選、技優甄審及保送、聯合登記分發管道。尤其，2009年資訊工程系，比往常多招生一班。
教務處表示，部分受災學生來電，因交通中斷無法註冊，學校會全力協助，保障學生求學權利，並助學生家庭度過難關。
