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首頁 慈濟志業 教育志業 教育志業記實 慈大學生 發現命名新細菌

慈大學生 發現命名新細菌

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在基因銀行裡,2016年8月26日新增了一個新的細菌,「Pseudomonas sp. TCU-HL1」這是由慈濟大學醫學系四年級黃瑞霖和林育暄在花蓮森林裡的土壤裡採集到的,因此以慈濟大學TCU,和兩位發現者的姓H(黃)L(林)為名,該細菌可以分解樟腦,冰片等萜烯類。

發現細菌 看見臺灣歷史

在一百多年前,臺灣曾經是全世界主要的樟腦產地,輝煌時期佔了全球產量的70%以上,當樟樹大量被砍伐後,在這片土地留下了甚麼紀錄呢?俗話說『落葉歸根』,葉片落下後,終將被土壤裡面的細菌所分解。臺灣的土壤裡,在無聲無息中,留下了大量會分解樟樹二次代謝物的微生物。

由黃瑞霖,林育暄和曾海龍以第一作者於今年10月發表論文刊登於美國微生物學會的期刊 《Applied and Environmental Microbiology》。三位作者都在陳灝平老師實驗室做研究。該篇論文主要是以新發現的細菌Pseudomonas sp. TCU-HL1的作用為主,並從該細菌選殖出『冰片脫氫酶』(borneol dehydrogenase)基因,此基因在植物中是擔任合成樟腦的角色,但是在土壤的細菌內卻是負責將萜烯類分解。

發現「Pseudomonas sp. TCU-HL1」,對於黃瑞霖和林育暄兩位來說是一個意外,因為當時根據陳灝平老師的判斷,認為在某種植物旁應該會存有可以分解萜烯類的細菌,因此由兩位同學去尋找,陰錯陽差下,憑著一張植物圖片黃瑞霖同學認錯了植物,挖錯了土壤,但卻找到了沒有人發現過的新細菌。

從收集來的土壤中以特殊方式培養,最終只剩下四種細菌存活,黃瑞霖表示,培養細菌的那段日子幾乎每天都睡在實驗室,同學下課十分鐘休息伸懶腰,但他卻是急著衝向四樓的實驗室,了解細菌的進展。「感覺自己很像女工,常常是提著兩籃的細胞培養箱三樓、四樓跑。」林育暄說,醫學系的兩位學生決定在未進臨床前,進實驗室做基礎研究,大一下兩人一間間拜訪生化科各實驗室,因為陳灝平老師特別慈眉善目,所以決定跟著老師做實驗。

基礎研究 人類救命丹

發現了「Pseudomonas sp. TCU-HL1」兩位同學很開心,他們表示,多數的學生到實驗室都是協助老師完成一部分的計畫,但因為發現了新細菌,所以他們反而開創了實驗室另一個主題,現在實驗室也積極從「Pseudomonas sp. TCU-HL1」去尋找更多的可能性。

過程很幸運很意外,但黃瑞霖同學說:「其實就像相親,當你把條件定下來的,來的人就有可能是你要找的對象。」

而他認為基礎研究也許現階段無法發現對人類的幫助,但如果你不開始研究,就什麼都不知道,但也許它就是未來的救命藥。

陳灝平老師表示,在科技分工越來越細膩的今天,單靠一個人是不可能完成這項工作的,像另一第一作者曾海龍是五年一貫的碩士班學生,負責完成了酵素的表現,重新摺疊,活性分析;另外,中研院黃開發博士,幫忙做分子對接,解釋了這個酵素結構與功能的關係;慈濟大學的林光慧教授幫忙細菌電子顯微鏡處理,胡安仁教授利用氣相色層分析質譜儀幫忙鑑定二次代謝物降解的結構,大葉大學呂佩倫教授的討論樟腦代謝途徑的基因體分析。這篇文章的發表,為他們在慈濟大學的求學生涯,留下一點紀錄,也對他們未來的發展有所幫助。

補充資料:


基因銀行(GenBank)是一個開放獲取的序列資料庫,成立三十幾年來(1982成立),GenBank資料庫成為了最重要的,也是最有影響力的生物全領域資料庫,其數據正被全球數以百萬計的研究人員獲取與引用。

此資料庫是國際協作核酸序列資料庫(INSDC)的一部分,由美國國家生物技術信息中心(NCBI)主管,NCBI為美國國立衛生研究院的下屬機構。GenBank和它的合作者從全球各個實驗室接收了超過百萬種生物的數據。

(文:李家萓 慈濟大學報導 2016/11/16)
 

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